中國發現和確診的第一批 2 名新冠飛揚患者，是科研人員用 NGS 技術進行測序分析鑒定出來的。在 2020年 1 月 3 日對這兩名病人的已知病毒（SARS 病毒）RT-PCR 檢測中，結果顯示陰性，但是有部分片段被擴增出來，提示有潛在且同源的病原體。只有通過 NGS，才能檢測到 RT-PCR 不能檢測的新型病毒，並提供病毒轉錄組資料，用於針對病毒碼序列的核酸檢測位點的開發。但是，NGS 實驗操作較複雜，數據分析難度較大，檢測週期長，成本高。

基於 NGS 技術進行新冠病毒核酸檢測適用於以下人群：

1) 現有的其它技術手段未能檢測到病原微生物的新發傳染病（包括但不僅限於新冠肺炎）病人；2) 傳統 RT-PCR 檢測失敗，或者提示部分檢出冠狀病毒序列，懷疑有病毒突變的疑似病人。